Організаційна структура Асоціації «ЗЕД» включає:
- Рада Асоціації «ЗЕД»;
- Експертна рада;
- Виконавчий орган;
- Керівництво проектів та проектні офіси;
- Дочірні та афельовані підприємства;
- Підрозділи Асоціації «ЗЕД»;
- Партнери-члени Асоціації «ЗЕД»;
Рада Асоціації «ЗЕД» представлена представниками закордонних партнерських організацій (асоціацій за аналогічним профілем діяльності, комерційних об’єднань тощо), Раду очолює Голова Ради Асоціації.
До компетенції Ради відносяться такі питання:
- Розробка спільних підходів та інструментів розширення спільної комерційної діяльності підприємств України та інших держав;
- Надання консультацій щодо встановлення ділових зав’язків, рекомендацій відносно надійності ділових партнерів;
- Сприяння та організація міжнародних заходів, пов’язаних з участю партнерів, членів асоціацій різних країн;
- Розробка пропозицій щодо створення торгово-транспортних коридорів, зняття торгових обмежень та заборон, вирішення проблемних питань в торгівлі та інвестиційній діяльності, стимулювання експортно-імпортної та інвестиційної діяльності.
Експертна Рада Асоціації представлена українськими фахівцями найвищого рівня в сфері зовнішньоекономічної діяльності.
До компетенції ради відносяться такі питання:
- Розробка пропозицій щодо підвищення ефективності зовнішньоекономічної діяльності підприємств, вирішення їх проблемних питань, захисту інтересів суб’єктів господарської діяльності;
- Проведення експертизи контрактів, умов розрахунків, поставки;
- Консультування з питань податкової та митної справи, експортно-імпортної, підприємницької та інвестиційної діяльності;
- Підготовка проектів нормативно-правових документів та регулюючих документів.
Виконавчий орган Асоціації очолює виконавчий директор. До складу виконавчої дирекції входять виконавчий директор, його заступники та апарат виконавчої дирекції.
Виконавчий орган здійснює поточне управління діяльністю Асоціації «ЗЕД», дочірніми компаніями, а також координує діяльність інших компаній, що залучаються для спільної діяльності.
Дочірні компанії створені як в Україні, так і за кордоном, у країнах, з комерційними структурами яких Асоціація «ЗЕД» має довгострокові відносини (торгові дома).
Для розробки та реалізації спільних проектів створюються проектні офіси, до роботи в яких залучаються представники інших підприємств та підприємці.